Gotyckie prezbiterium stanowiące najstarszą część kościoła, a pierwotnie samoistną świątynię, zdobi barokowy ołtarz główny. Posiada on cztery złocone kolumny w stylu greckim i ozdobne kapitele.
Centralną część ołtarza zdobi krzyż z figurą Jezusa Chrystusa. Piękno rzeźby Chrystusa ukrzyżowanego skłoniło znawców sztuki do stwierdzenia, że może być ona dziełem Wita Stwosza lub jego szkoły.
W tle krzyża znajduje się okno w kształcie serca, a w nim witraż. Po bokach krzyża, umieszczone są dwie rzeźbione postacie kobiece: Matka Boża i Św. Magdalena.
W górze w złocistych promieniach jest rzeźba Boga Ojca trzymającego w ręce kulę ziemską z krzyżem.
W górnej części ołtarza nad kolumnami znajdują się postacie dwóch aniołków z narzędziami męki pańskiej.
Na tabernakulum widnieje złocona płaskorzeźba Jezusa Chrystusa.
Nad tabernakulum umieszczony jest mały owalny obraz patronki parafii św. Marii Magdaleny.
Boczne ściany prezbiterium zdobią obrazy świętych w złoconych ramach oraz złocone ornamenty.
Ozdobą prezbiterium jest nie tylko bogato rzeźbiony ołtarz ale również piękne gotyckie ostrołukowe sklepienie o dwu zwornikach, z ceglanymi żebrami. Inskrypcja z datą ułożoną w dwóch kręgach wokół litery „W” (herb Abdank Machowskich) o treści „MURATO ANNO DOMINI MCCCXL”. Pozwala datować zakończenie budowy miechocińskiego kościoła na 1340 r. Pochodzące z przełomu XIV/XV wieku monumentalne polichromie ścienne zachowane na ścianach i sklepieniu prezbiterium odkryte zostały podczas prac konserwatorskich prowadzonych w 1992 r.
